Территориальный орган Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Республике Алтай (Территориальный орган Росздравнадзора по Республике Алтай) создан 26 января 2006 года. В настоящее время осуществляет полномочия в соответствии с Положением о Территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Республике Алтай (Территориальный орган Росздравнадзора по Республике Алтай), утвержденным приказом Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения от 06.10.2020 № 9130.
Территориальный орган Росздравнадзора по Республике Алтай является территориальным органом Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и осуществляет функции по контролю и надзору в сфере здравоохранения на территории Республики Алтай
Территориальный орган Росздравнадзора по Республике Алтай руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, нормативными правовыми актами Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации, Положением о Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения, актами Росздравнадзора и Положением о Территориальном органе.